Microorganismele trăiesc adesea sub forma unei comunități. În plus, pot trăi în contact strâns cu organisme complexe, cum ar fi animalele și oamenii, stabilind relații comensale, reciproce, parazite și/sau patogene cu gazdele lor. Peste 100 de trilioane de microorganisme trăiesc în simbioză cu corpul uman. Microbiota umană, în special microbiota intestinală, poartă aproximativ 150 de ori mai multe gene decât cele găsite în întregul genom uman. S-au arătat progrese importante că microflora intestinală este implicată în procesele biologice umane de bază, inclusiv modularea fenotipului metabolic, reglarea dezvoltării epiteliale și influența asupra imunității înnăscute. Bolile cronice, cum ar fi obezitatea, sindromul intestinului iritabil, diabetul zaharat, sindromul metabolic, ateroscleroza, ciroza și carcinomul hepatocelular sunt legate în diferite moduri de echilibrul microflorei umane.

normale
Microflora normală poate fi găsită în multe locuri din corpul uman, inclusiv în piele, mucoase ale căilor respiratorii (în special nasul), tractului urinar și tractului digestiv. Pe de altă parte, părți ale corpului, cum ar fi creierul, sistemul circulator și plămânii, sunt concepute pentru a rămâne sterile.

Corpul uman oferă un mediu de viață unic pentru diferite comunități bacteriene. În acest context, oamenii de știință tratează corpul uman ca pe o gazdă. Relația pozitivă dintre o gazdă și un microorganism este de obicei descrisă ca fiind reciprocă sau comensalistă. În cazul reciprocității, beneficiul este atât pentru gazdă, cât și pentru microbi. Când relația este de tip comensal, un partener beneficiază (de obicei, microbii), iar celălalt partener (de obicei, gazda) nu beneficiază și nici nu dăunează. În multe cazuri, poate fi dificil să se determine dacă o anumită relație gazdă-microb ar trebui considerată reciprocă sau comensalistă. Așa cum relațiile gazdă-microb pot fi pozitive sau neutre, ele pot fi și negative. O astfel de relație gazdă-microb este de obicei descrisă ca parazită sau patogenă. În relațiile parazitare, microbul este utilizat în detrimentul gazdei și, în mod similar, într-un mod patogen, microbul provoacă daune gazdei. În ambele cazuri, costul pentru gazde poate varia de la ușor la fatal.

Flora normală la om se dezvoltă de obicei într-o secvență organizată (secvență după naștere), ducând la populații stabile de bacterii care alcătuiesc flora normală la adulți. Principalul factor care determină compoziția florei normale din organism este natura mediului local, care este determinată de pH, temperatură, potențial de reducere și oxigen, apă și substanțe nutritive. Alți factori, cum ar fi peristaltismul, saliva, secreția de lizozimă și eliberarea de imunoglobuline joacă, de asemenea, un rol în controlul florei. De exemplu, nou-născutul începe să intre în contact cu diferite microorganisme în timp ce se deplasează prin canalul de naștere. Populațiile gram-pozitive (bifidobacterii și lactobacili) predomină în tractul gastro-intestinal la începutul vieții dacă sugarul este alăptat. Această populație bacteriană este redusă și deplasată într-o oarecare măsură de flora gram-negativă (Enterobacteriaceae) atunci când bebelușul este hrănit cu biberonul.

Reprezentanții normali ai microflorei intestinale stimulează dezvoltarea sistemului imunitar umoral și celular. Semnalele și metaboliții microorganismelor pot fi detectați de celulele sistemului imunitar înnăscut și traduși în răspunsuri imune fiziologice. Microorganismele intestinale se încadrează în două categorii principale: microbii indigeni, care par să se găsească pe epiteliul mucoasei colonice și microbii aloctoni, care traversează temporar lumenul ca parte a digestiei.

Pielea este cel mai mare organ al corpului uman, colonizat de o varietate de microorganisme, dintre care majoritatea sunt inofensive sau chiar benefice pentru gazda lor. Colonizarea este guvernată de ecologia suprafeței pielii, care este foarte variabilă în funcție de locația topografică, de factorii endogeni ai gazdei și de factorii de mediu exogeni. Răspunsurile imune înnăscute și adaptabile ale pielii pot modula microflora pielii, dar microflora funcționează și în antrenamentul sistemului imunitar.

Staphylococcus epidermidis este o bacterie gram-pozitivă și una dintre cele peste 40 de specii aparținând genului Staphylococcus. Face parte din flora umană normală, de obicei flora pielii și mai rar flora mucoasă. Aceasta este o bacterie anaerobă facultativă care ajută la menținerea echilibrului microflorei pielii și protejează suprafața pielii de dezvoltarea infecției fungice.

Bifidobacteriile sunt un tip de bacterii care apar în mod natural în organism. Locuiesc în intestine și ajută la descompunerea alimentelor, permițând organismului să utilizeze nutrienți pentru energie. Bifidobacteriile previn probleme precum constipația și diareea.

O altă bacterie benefică este Escherichia coli, care adesea primește un nume rău, deoarece există tulpini patogene care provoacă infecții grave, dar E. coli participă la echilibrul dintre bacteriile benefice și dăunătoare din lumenul intestinal printr-un tip competitiv de relație cu alte microorganisme. E. coli ajută, de asemenea, la digestia alimentelor și folosește substanțe nutritive precum fierul, de care sunt necesare unele bacterii dăunătoare în timpul divizării lor. De fapt, microorganismele comensale precum E. coli formează bariere de protecție, care sunt prima linie de apărare împotriva agenților patogeni. În general, sunt vecini buni care nu creează probleme și nu lasă loc pentru ca vecinii răi să se miște.